A program elsődleges célja a hatékonyságjavítás, az új, jól menedzselt és költséghatékony projektek támogatása. Ezek modellül szolgálhatnak az egészségügyi szektor alapvető strukturális változásaihoz (pl. otthoni ápolás, prevenció, egészségügyi menedzsment fejlesztés).

A program innovatív jellegű. Az Alapítvány a modellkísérletek beindításával párhuzamosan folyamatosan törekszik közös és továbbfinanszírozhatóságra a többi nagy finanszírozó aktorral, elsősorban a Népjóléti Minisztériummal és a Társadalombiztosítással, valamint a Fővárosi Önkormányzattal és a helyi önkormányzatokkal. Az Egészségügyi rendszerfejlesztési program mindvégig ezen szervekkel összehangoltan végzi munkáját. "

A programok másik jelentős része az esélyek egyenlővé tételét igyekszik elősegíteni. Elsősorban olyan technikákat kívánnak ezek a programok támogatni, melyek segítségével az adott etnikai, fogyatékos vagy beteg csoportok saját érdekeik érvényesítésére képessé válnak és saját képviseletüket megteremtik a törvényhozás, a helyi hatalom szintjén vagy akár a mindennapok problémáinak megoldásában.